Enrico, nella lotta di potere tra i feudatari tedeschi e le città, aveva parteggiato per queste ultime, contro il parere dell’Imperatore. Ad Aquileia, nel 1232, si era comunque sottomesso ai voleri del Sovrano, sennonché Enrico, d’accordo coi vescovi, continuò ad osteggiare la politica del padre, che aveva autorizzato per questioni politiche la persecuzione degli eretici, anzi pubblicò un manifesto contro l’Imperatore e strinse un’alleanza coi comuni d’Italia. Incredibilmente, il figlio dell’Imperatore s’era alleato coi Milanesi, suoi acerrimi nemici, per strappargli la corona! Capito il pericolo della ribellione del figlio, Federico si mosse con grande circospezione, cercando d’entrare nelle grazie del riottoso Pontefice affinché scomunicasse il ribelle, prima che prendesse le armi. Fu molto docile con Gregorio IX, ed utilizzò le armi spirituali della Chiesa, non tanto per il loro valore intrinseco, quanto per evitare che si stabilisse un accordo tra il ribelle ed il Pontefice. Raggiunse in fretta la Germania, passando da Rimini, Venezia e Trieste, osannato dai principi che con le loro milizie bloccarono il passaggio ad Enrico verso l’Italia, ed evitando che questi potesse congiungersi coi nuovi alleati. Ad Enrico non restò che la resa (luglio 1235), e Federico lo mandò prigioniero in un castello delle Puglie, dove morì sette anni dopo, forse suicida. Enrico, figlio della prima moglie Costanza d’Aragona, era stato allevato in Germania, e credendo d’essere amato e protetto meno dell’altro figlio Corrado, avuto dalla seconda moglie, aveva cominciato ad odiare il padre, accarezzando l’idea di potersi sostituire a lui nell’Impero. Nessuno avrebbe potuto immaginare una fine così miserevole.

Federico convocò una dieta a Magonza nell’agosto del 1235, nella quale fu emesso un importante editto col quale intendeva portare la pace nel regno tedesco e consolidare i suoi diritti. Molto influsso ebbe la legislazione siciliana in quelle disposizioni, ma in Germania, dove ormai il feudalesimo aveva trasformato il paese, non poteva attuare il regime assolutistico e centralizzato del regno di Sicilia, ma gli servì per tenere a freno un processo di disintegrazione dei feudi in piccoli stati. Nella stessa dieta denunciò i Milanesi in quanto istigatori della ribellione del figlio, e fu decisa la ripresa della guerra contro i Comuni. Quindi tornò in Italia. Ma dovette fare ritorno in Germania alla fine del 1236 per sedare la ribellione del duca Federico d’Austria, detto il Bellicoso. Vienna veniva elevata a capitale, e nel febbraio del 1237, nella dieta di Spira, incoronava re dei romani suo figlio Corrado, avuto in seconde nozze da Isabella di Brienne, sotto la reggenza dell’arcivescovo di Magonza. Memore del tradimento di Enrico, non lesinò consigli e norme alle quali doveva attenersi: "Vitare noxia tui fratris, quondam regis Henrici", ricordandogli la sua "incauta temeritas".