Rimasto vedovo di Isabella di Brienne nel 1228, Federico pensò di legare le sue sorti ad una potente casa straniera. E, su suggerimento dello stesso pontefice Gregorio IX ,decise di unirsi in matrimonio con Isabella, sorella del re d’Inghilterra Enrico III, al quale mandò un’ambasciata tramite Pier delle Vigne, come rileva il Breholles da una lettera spedita da Foggia il 15 novembre del 1234. Scrive quindi una lettera al Pontefice il nove dicembre (salutem et reverentiam filialem!), con la quale lo informa di avere mandato Pier delle Vigne a chiedere la mano di Isabella, in base al suo paterno consiglio, e lascia alla sua discrezione stabilire la giusta dote.

Matteo da Parigi, nella "Historia Maior Angliae", così riferisce: "Nel mese di febbraio del 1235, vennero a Westminster due frati dell’ordine teutonico con soldati ed altri ambasciatori, mandati dall’Imperatore dei Romani, Federico II al re d’Inghilterra, portando una lettera con l’aureo bollo, nella quale domandava in isposa la sorella di quel monarca, Isabella. Arrivati al cospetto del Re, il 23 febbraio, chiesero la risposta alla lettera, affinché potessero prestamente darne notizia all’Imperatore, loro signore. Ma quel monarca volle prima interrogare intorno a ciò i Vescovi e i Grandi del suo regno, i quali, dopo avere accuratamente esaminata la cosa, tutti di unanime accordo dopo il terzo giorno stabilirono che si desse la donzella a Federico. E così il 27 febbraio Enrico III concesse agli ambasciatori di vedere la futura sposa, mandando subito a chiamare Isabella che, con grandissime cure, veniva custodita nella torre di Londra. Prestamente e con grande rispetto fu condotta alla presenza degli ambasciatori e di Enrico III a Westminster la fanciulla, che allora aveva anni ventuno, di grande bellezza e graziosamente vestita degli abiti reali. E quelli poiché ebbero alquanto contemplato il vago volto dell’avvenente giovinetta, che giudicarono degnissima di Federico, confermarono il matrimonio, giurando sull’anima di Federico, a nome del quale offrirono alla fanciulla l’anello nuziale. Riferite tali cose, per mezzo di fidi messi, all’Imperatore, questi, dopo le feste di Pasqua, mandò in Inghilterra l’Arcivescovo di Colonia ed il duca di Brabante con numeroso seguito di nobili uomini, perché con grande onore conducessero a lui l’Imperatrice".

Grandissimi furono i preparativi, solenni le feste e molto ricca la dote: "Quasi regias vel imperiales divitias excedere videretur". Scrigni ripieni d’oro, collane finemente lavorate, gioielli, vasellame d’oro e d’argento, e splendide le donazioni e gli onori che Federico prometteva alla futura sposa. Dopo giorni di feste e di giuochi, Isabella giunse a Colonia, dove prese alloggio nel Palazzo Arcivescovile, osannata dalla popolazione.

Intanto Federico era alle prese col figlio Enrico, reo di lesa maestà; dopo vari tentativi e ripensamenti, resosi finalmente conto di trovarsi a mal partito ed abbandonato dai suoi amici, nei primi giorni di luglio a Worms, si gettò ai piedi del padre implorando perdono, in presenza di tutta la corte. Senza neppure guardarlo, Federico lo rimproverò aspramente e lo fece trattenere in custodia. Ma un tentativo di fuga fu la sua totale rovina. Nella dieta di Mayence, il 15 Agosto, fu pronunciata la sua deposizione e la traduzione nella fortezza di S. Felice in Puglia, dove morì nel febbraio 1242. Alcuni credono sia stato rinchiuso nella fortezza di Martorano di Calabria o in quella di Neocastro, e che sia morto suicida; di certo la sua misera fine spiacque molto a Federico che volle fossero fatti solenni funerali e fosse eretto un monumento marmoreo nella cattedrale di Cosenza, dove fu sepolto. Sua moglie Margherita gli aveva dato due figli, Federico ed Enrico: il primo visse poco tempo, l’altro lo ritroviamo alla corte del nonno e al comando d’una armata durante l’assedio di Parma.

Isabella rimase a Colonia circa sei settimane, dopo di che, accompagnata dall’Arcivescovo di quella città, partì alla volta di Worms dove s’incontrò con Federico. La donzella piacque molto al sovrano che l’accolse con gioia, "supra modum sibi placuit decoris, inspectis puellaris illam enim natura speciali quodam studio decoraverat".

La domenica del 20 luglio 1235, alla presenza di quattro re, undici duchi, trenta conti e marchesi ed un gran numero di eminenti prelati, Federico celebrò solennemente a Worms il suo terzo matrimonio con Isabella, mentre dieci anni prima aveva impedito che la stessa si fidanzasse con suo figlio Enrico. Ligio alle credenze, volle naturalmente consultare gli astrologi, ed ecco cosa ci racconta Matteo da Parigi: "Nocte vero prima, qua concubuit Imperator cun ea, noluit eam carnaliter cognoscere, donec, competens hora ab astrologis ei nunciaretur. Consummata autem carnali commixtione, summo mane, deputavit eam quasi praegnantem diligenti custodiae, dicens ei: custodi te sapienter, quia habes in utero masculum!". Stando ai cronisti pare si sia avverata la predizione di Federico, essendo nato un maschio chiamato Giordano, vissuto però poco tempo. Di certo nel 1237 venne alla luce Margherita e l’anno successivo, a Ravenna, nacque Enrico; secondo lo Cherrier, Isabella ebbe un’altra figlia di nome Agnese.

Passati cinque giorni dalla fastosa cerimonia, gli ospiti venuti dall’Inghilterra vi fecero ritorno colmi di doni. Federico affidò quindi Isabella alla severa e rigidissima custodia degli eunuchi, secondo il suo geloso costume.

Isabella sul finire del 1238 entrò in Italia, dimorando prima a Ravenna e poi a Padova; quindi soggiornò per qualche tempo a Parma, assieme a Federico, per poi ritirarsi ad Andria, nel Regno, allora governato da Alessandro, figlio di Enrico.

Dopo la morte di Gregorio IX, Federico si recò in Puglia, per la via di S. Germano e Benevento, ma l’attendeva una grande tragedia. Isabella, nel dare alla luce una bambina, moriva dolorosamente di parto, alla tenera età di ventisette anni. La notizia si sparse in tutto il regno e soprattutto in Inghilterra, dov’era conosciuta e stimata. Federico ordinò che fossero fatti solenni funerali, che per un mese intero si celebrassero messe in suo suffragio, e scriveva al capitano del regno: "…campanis quo deceat honore pulsatis". Da Foggia la salma fu trasportata ad Andria e sepolta nella cattedrale dov’era già stato deposto il corpo di Iolanda di Brienne, morta anche lei di parto nell’aprile del 1228. Non mancarono le polemiche sulle cause della morte di Isabella, così com’era successo per la sua seconda moglie. Federico fu accusato di tenere segregate per gelosia le sue mogli, anzi Innocenzo IV, dal Concilio di Lione, gli rinfacciò di avere fatto castrare per precauzione le guardie poste alla loro custodia.